Стабильность мира шиноби неуклонно катится с горки. По всем странам начали появляться организации, преследующие неизвестные цели. В то же время международные отношения обостряются. Селение Скрытой Звезды претендует на пост Великой деревни. Главенствующие пять деревень усиленно пытаются противостоять этому. Но и в их отношениях не всё так гладко, как хотелось бы. Цутикагэ и Райкагэ не поделили нейтральную территорию. Между их деревнями (Скрытой Скалы и Скрытого Облака) идут непримиримые локальные войны. Само собой, делается это втихую, чтобы на сторону врага не пришло подкрепление. Также Цутикагэ протестует против нынешнего Кадзекагэ – Гаары, аргументируя это тем, что он ещё слишком юн. Мидзукагэ относится ко всему этому весьма пренебрежительно, поддерживая нейтралитет. Хокагэ же поддерживает Песок. Он пытается примирить все страны, организовывая Великий турнир Ниндзя.
В это время в стране Дождя вспыхивает очередное восстание, и власть, в который раз, оказывается в руках нового игрока. У него свои амбиции и замыслы. Ведь страна Дождя расположена в весьма невыгодном положении, с этим надо что-то делать…
И всё бы ничего, разрешить эти проблемы можно, но организация Акацки начинает шевелиться. Стремясь к мировому господству и «миру во всём мире», они начинают уничтожать  наиболее опасные, по их мнению, недавно сформировавшиеся организации. Погоня за биджу оставлена в прошлом, теперь их цель – улучшенный геном. Все потомки Великих родов подвергаются опасности….